Au-delà des réticences et préjugés ("la mise en œuvre d’une clause n’est pas sûre juridiquement", "le marché sera infructueux", "la collectivité n’a pas la compétence insertion", etc.), la complexité de la mise en œuvre des clauses est réelle et explique leur faible utilisation : identification des opérations pertinentes, repérage des publics potentiellement bénéficiaires, calibrage et rédaction de la clause, appui aux entreprises attributaires, coordination des différents acteurs, suivi et évaluation des opérations, etc. La mise en œuvre des clauses passe ainsi par le déploiement d’une ingénierie adéquate. Le rôle d’un facilitateur (cf. annexe 6, p.65) est primordial.
Certaines collectivités ont fait le choix d’internaliser la fonction de facilitateur. C’est le cas historiquement par exemple de Nantes Métropole qui dispose d’une cellule "Assistance à maîtrise d’œuvre d’insertion", rattachée à la Direction du développement économique (elle sera rattachée à la Maison de l’emploi courant 2011), et propose son expertise à d’autres maîtres d’ouvrage.
D’autres collectivités s’appuient sur des facilitateurs externes, basés dans des Maisons de l’Emploi, des Plans locaux pour l’insertion et l’économique (Plie), des comités de bassin d’emploi, etc. Elles doivent toutefois posséder une compétence propre dans leurs services en matière de clauses sociales, afin d’être en capacité, en tant que pouvoir adjudicateur, d’analyser les offres lors de la phase de sélection et d’apprécier la mise en œuvre dans la phase d’exécution.
Dans les collectivités de taille importante, un référent peut même être chargé de piloter et de coordonner un réseau de facilitateurs, parfois appelés relais territoriaux. La Région Poitou-Charentes a par exemple missionné un agent, rattaché à la direction de la commande publique, pour créer, mobiliser et animer un réseau de relais territoriaux positionnés en fonction du contexte local au sein des Plie, des Maisons de l’Emploi, des comités de bassin d’emploi, des missions locales, etc.